પંજાબના સરહિંદ રેલવે સ્ટેશન પર RDX બ્લાસ્ટની શક્યતા અંગે ગુપ્તચર એજન્સીઓના (Intelligence Inputs) ગંભીર ઈનપુટ મળતા જ સમગ્ર દેશના રેલવે તંત્રને સાવધ કરવામાં આવ્યું છે. આ એલર્ટના પગલે પશ્ચિમ રેલવેના મહત્ત્વના સ્ટેશન એવા ગોધરા ખાતે પોલીસ અને સુરક્ષા એજન્સીઓ દ્વારા મુસાફરોની સુરક્ષા માટે સઘન સર્ચ ઓપરેશન હાથ ધરવામાં આવ્યું હતું.મુસાફરોની સુરક્ષાને સર્વોપરી ગણીને GRP (રેલવે પોલીસ), RPF અને અન્ય સુરક્ષા એજન્સીઓ તાત્કાલિક એક્શન મોડમાં આવી ગઈ હતી. ગોધરા રેલવે સ્ટેશન ખાતે બપોરે 12થી 1 વાગ્યા દરમિયાન ઉચ્ચ અધિકારીઓની સીધી દેખરેખ હેઠળ આખું ઓપરેશન ચલાવવામાં આવ્યું હતું.
આ સર્ચ ઓપરેશનમાં ગોધરા સ્પેશિયલ બોમ્બ ડિસ્પોઝલ સ્ક્વોડ (BDDS) અને ડોગ સ્ક્વોડની મદદ લેવામાં આવી હતી. જેમાં પ્લેટફોર્મ, યાર્ડ, ટ્રેક વિસ્તાર, મુસાફરખાના અને સામાનની ઝીણવટભરી તપાસ કરી હતી. આશરે એક કલાક સુધી ચાલેલી આ કવાયતમાં કોઈ પણ શંકાસ્પદ વસ્તુ, કેમિકલ કે શંકાસ્પદ વ્યક્તિ મળી આવ્યા ન હતા. સઘન ચેકિંગ બાદ પરિસ્થિતિ સામાન્ય જણાતા રેલવે વહીવટી તંત્ર અને સુરક્ષા એજન્સીઓએ રાહતનો શ્વાસ લીધો હતો.
